수원화성박물관의 로고는 '수원 화성'의 성곽과 수원천을 형상화해서 만들었다.
더불어 정조의 꿈이었던 '수원 화성'을 나타내기 위해 파란색을 사용하였다.
성곽 밑에 있는 3개의 선을 '川'이라는 글자를 딴 것으로, 과거부터 미래까지 시원한 물길의 흐름으로 우리민족이 걸어왔고, 나아갈 삶의 '길'을 표현하였다.
이는 전통과 첨단이 공존하는 세계 속의 문화도시이자 신도시로서의 가치를 발휘 할 수원시와, 이를 대표하는 문화건축물로서의 수원화성박물관 이미지를 반영한 Symbol이다.